Rafiki vertelt het verhaal van twee jonge meiden uit Nairobi die tot hun eigen verrassing verliefd worden op elkaar. Omdat ze bang zijn voor de reacties van familie en vrienden, en omdat homoseksualiteit strafbaar is in Kenia, proberen ze hun liefde geheim te houden voor de buitenwereld.
De eerste film uit Kenia die geselecteerd werd voor het festival van Cannes mocht in eigen land niet vertoond worden omdat het volgens de regering meisjes maar op ideeën zou brengen.